После террористических актов 11 сентября министерство обороны США начало удерживать лиц, подозреваемых в терроризме, в тюрьме на военно-морской базе в заливе Гуантанамо, Куба. (Военно-морской флот США стоит в Гуантанамо со времен Испано -американской войны 1898 года, выплачивая за это Кубе ежегодную арендную плату Белый дом называет заключенных в Гуантанамо лиц «боевиками врага», однако после того, как многим содержащимся на базе людям в течение нескольких лет так и не был!’ предъявлены никакие обвинения, в средствах массовой информации по этому поводу поднялась шумиха.

Первые заключенные были перевезены в Гуантанамо в январе 2002 года из Афганистана, где они были захвачены в плен. Однако в течение более чем двух лет им так и не были предъявлены никакие обвинения. В феврале 2004 года ряд американских юристов поставили под вопрос политику администрации президента Буша в отношении заключенных на базе Гуантанамо, заявив, что такое жестокое обращение с ними является нарушением положения Конституции США о надлежащей правовой процедуре. В январе 2005 года один окружной суд вынес постановление, согласно которому к заключенным, пребывающим на территории военных баз США, следует применять американскую Конституцию, в частности не лишать их свободы без надлежащей правовой процедуры. Администрация Буша незамедлительно подала апелляцию на это решение.

Эти события вызвали резкую критику правительства США мировой общественностью. Помимо того, администрация президента Буша также подвергается критике из-за методов допроса, применяемых по отношению к заключенным. Некоторые правозащитные организации прямо обвиняют администрацию тюрьмы в злоупотреблениях и применении пыток.

В феврале 2005 года администрация президента Буша крайне неохотно сообщила, что на тот момент в тюрьме Гуантанамо содержались 545 человек из примерно 40 стран. Кроме того, правительство США также содержит лиц, подозреваемых в терроризме, в том числе активных участников террористической сети «Аль-Каеда», на военных базах в Северной Каролине, Ираке и Афганистане, а также на борту военных кораблей находящихся в море.