Прогрессировала ли медицина в течение средних веков? В средние века (500—1350) произошла институционализация медицины: были открыты первые общественные больницы и основаны первые медицинские учебные заведения, что сделало медицинскую помощь, до этого оказываемую только в домашних условиях, более доступной, а также усовершенствовало подготовку врачей. Эти изменения были вызваны крайней необходимостью: в средние века на Европу волнами накатывались различные эпидемии. В VI веке начались вспышки проказы, достигшие своего максимума в XIII столетии; в XIV веке вспыхнула эпидемия бубонной чумы, унесшая жизни примерно четверти жителей Европы; от таких болезней, как оспа, ежегодно страдали десятки тысяч людей. Именно для борьбы с этими и другими заболеваниями были основаны первые больницы — предназначавшиеся главным образом для бедных — и открыты медицинские школы. Некоторые из них вошли в состав университетов, которые образовывались в то же время (например, Болонский университет в Италии и Парижский во Франции). В X веке в Салерно, Италия, открылось первое официальное учебное заведение, обучавшее медицине.

В средние века на медицинскую практику Европы значительное влияние оказывали труды персидского врача и мыслителя Рази (прибл. 865 — прибл. 930). Рази, или Разес, как его называли в Европе, считался величайшим медиком исламского мира. Его работы, содержащие точное описание кори и оспы, были переведены на латынь и получили широкое распространение в христианском мире. Другой выдающийся мусульманин, ученый Авиценна (или Абу-Али Ибн-Сина, 980—1037), создал полномасштабную научно-философскую энциклопедию, в состав которой вошли медицинские знания того времени. На Западе этот труд получил известность под названием «Книга исцеления». Содержащиеся в нем описания многих болезней, в том числе столбняка и менингита, сделали его одним из краеугольных камней средневековой европейской медицины.