К конфликту в Косово, как и к войне в Боснии, привели этнические разногласия. Косово — это провинция, расположенная на юге Сербии и граничащая с Албанией и бывшей югославской республикой Македонией. Многие этнические албанцы, живущие в Косово, считают себя в большей степени гражданами Албании, нежели Югославии. Это обстоятельство привело к возникновению сепаратистского движения и обострению отношений между албанцами и сербскими властями.

В начале 1998 года югославская армия приступила к подавлению Армии освобождения Косово — полупартизанской организации, добивающейся независимости для албанского населения провинции. В октябре 1998 года президент Югославии Слободан Милошевич согласился прекратить преследования албанцев — но лишь после того, как НАТО несколько раз угрожало ему воздушными ударами по Югославии. Однако в течение нескольких месяцев, последовавших за этим заявлением Милошевича, в Косово произошла новая, еще более масштабная вспышка насилия. В январе 1999 года несколько сотен албанцев были убиты, а более четверти миллиона людей — попросту  выселены из своих домов. В числе убитых было немало стариков, женщин и детей. 23 марта 1999 года преимущественно сербский по составу парламент Югославии отверг требование НАТО предоставить Косово автономию, что, по замыслу Североатлантического альянса, должно было стать первым шагом на пути к мирному урегулированию противоречий между народами Югославии. Уже на следующий день силы НАТО начали воздушные бомбардировки Югославии, целью которых было нанесение экономического ущерба и вынуждение Милошевича принять условия НАТО. После 50 дне:1: бомбардировок, во время которых пилоты НАТО неоднократно наносили удары по гражданским объектам и домам мирных жителей, сложилась следующая ситуация: несмотря на то что НАТО явно побеждало в воздушной войне против Югославии, сама Югославия была близка к победе в наземной войне против косоваров-албанцев. Из приблизительно 1,8 миллиона этнических албанцев в Югославии войска Милошевиче выселили более полутора миллионов, при этом немало людей были убиты. Международные наблюдатели обнаружили большое количество доказательств зверств сербов по отношению к албанцам: было найдено несколько массовых захоронений, а беженцъ: из Косово рассказывали ужасные истории о пытках и изнасилованиях сербами албанского населения.

Военная операция НАТО все же дала желаемый результат. 10 июня 1999 года, после 77 дней бомбардировок, Югославия заявила о начале вывода войск из Косова, и, согласно договоренности между НАТО и Югославией от 9 июня, авианалеты были временно прекращены. 20 июня вывод сербских войск из Косово был завершен. Теперь мир и порядок в регионе поддерживался муниципальными силами самообороны. В тот же день НАТО заявило об официальном прекращении авиаударов по Югославии. Отныне войска НАТО выполняли несколько иные, миротворческие функции — в том числе поставку гуманитарной помощи. Последствия кризиса в Косово были воистину ужасающими: к концу мая 1999 года из своих жилищ были выселены полтора миллиона человек, или 90 процентов косоваров, еще 250 тысяч людей исчезли бесследно. Были обнаружены новые доказательства того, что по отношению к албанцам совершались акты геноцида, — в том числе массовые захоронения, сообщения о массовых казнях, выселении и изнасилованиях, а также систематическом уничтожении собственности и сельскохозяйственных посевов.

В 2003 году под эгидой Европейского Союза было подписано соглашение, по условиям которого Югославия становилась государством «Сербия и Черногория», причем каждая из республик получала более широкие права автономии. Таким образом, страна Югославия окончательно исчезла с политической карты Европы.